主要在秋分前后进行。这时果实已采收或接近成熟，新梢基本停止生长，树体消耗养分少。另外，这时正值根系第二、三次生长高峰，断根容易愈合并可发出新根；此时地温尚高，微生物处于比较活跃的状态。这时施基肥能增加树体营养储备，有利于次年果树萌芽、开花和新梢前期生长。结果树增施基肥，有利于增产、缓和大小年并提高果实品质。幼树多施基肥，有利于果树适龄结果和早期提高产量。而春季施基肥，肥效不能充分发挥，树势生长不健壮，并引起二次树梢生长过旺，不仅浪费养分，而且影响花芽分化。

以成龄树1公斤果2公斤粗肥为宜，幼树和初果期树以株施粗肥100～150公斤或人粪尿20～25公斤为好。

幼树采用半环状或环状沟施，即沿树冠外沿挖深50厘米、宽40厘米的沟；结果树可用放射状沟施方法，每株挖4～6道放射状沟，深50～80厘米、宽40厘米，施入肥料，并与土混匀；也可采取撒施方法，结合深翻将肥料翻入地下。注意基肥中不要加入速效化肥，以防止叶片早衰。

秋施基肥的最佳时间由原来采果后的10月中下旬提前到8月下旬至9月中旬，即中早熟品种采摘后和晚熟品种采收前。嘎啦苹果、早酥梨、桃、杏等中早熟品种以采果后的8月下旬肥效最高，红富士苹果、砀山酥梨、红提葡萄、冬枣等晚熟品种应以成熟前的9月上中旬为佳。

因为本期正值盛果树根系第三次生长高峰期，施肥过程中根部的伤口容易愈合，并能促生新根。

此时，果树的新梢基本停止生长，树上全是成熟的功能叶，制造的营养物质主要以积累贮藏为主，不剌激秋梢旺长，还能促进果实膨大和花芽分化，从而有利于培养健壮树势。

基肥是较长时间供给果树养分的基础肥料，8月下旬至9月秋施基肥，土壤持水量高，水是肥的载体，这时施入的肥料，有利于根系吸收，经叶片转化后有四大作用:一部分送给果实，促进晚熟果的膨大；一部分送给花芽，进一步提高花芽分化的数量与质量；一部分输送至根系，促进根系生长与发育；剩余部分则积累到根、干、枝中，供明年开花、结果、展叶、长梢，所以说九月施肥贵如金。若不早施肥而到采果后再施，那施的肥对晚熟果膨大、着色和花芽分化都不起作用了，只能在根部贮藏起来，供果树明年使用。