微生物菌剂的用途很广泛，不仅可以活化土壤、增强土壤的抗病能力，还能给土壤补充所需的养分，从而让作物能有一个好的生长环境，微生物菌剂的意义可谓是重大的。在我们国家由于化肥的连续投入，没有科学施肥的概念，导致现在土壤问题越来越多。
不管土壤是盐碱性严重，还是酸化板结严重，还是重金属超标等各种情况，其总体情况是土壤团粒结构受阻，土壤内的通气和保水能力下降，矿物质大量积存，土壤形成铁板一块。微生物菌剂可能通过其中的土壤修复菌剂、促生菌剂、有机物料等促进其中重金属及矿物质的转化，使得土壤土粒间隙增大，土壤胶体形成，那么土壤正常的呼吸吸收功能正常后，可以保证作物根系的深扎，活化功能增强。微生物肥料中的微生物菌在土壤及作物根部与一些病菌混合后，形成一种菌类平衡或者可以制约病菌的滋生，使得有害病菌不能随意发作，这对于作物来说就是一种抗病性；而其微生物菌对于土壤养分水分的吸收保护，又可形成作物抗寒抗性能的增强。微生物菌剂中的复合根瘤菌、固氮菌、硅酸盐微生物菌、解磷菌等不同类型的生物菌，可以使土壤中大量元素被分解后使作物吸收，在很大程度上可以减少人工施肥的量。同时土壤中的中微量元素也会通过菌类的平衡作用，被作物吸收，使得土壤中较多的营养元素被有秩序地分解，可以解决我们土壤板结的实际问题，也可大大减少实际施肥量。有益菌含量提高，土壤得以改良，肥料利用率提高，作物根系生长好了长势壮了，抗逆性和抗病虫害的能力增强，作物出现病虫害侵袭的几率下降，从而促进了作物品质的提升，实现了经济效益的增加。
