首先，生物菌施入土域后要为其创造一个好的生存坏境。 

如何来创造一个好的生存环境呢？主要应做到以下几点：

一是要调控好棚内的地温。一般菌肥中的生物菌在18-25℃时生命活动最为活跃，l5℃以下时生命活动开始降低，10℃以下时活动能力已很微弱，甚至处于休眠状态。 

要想调控好地温，首先要调控好翻内气温，一般棚内气温白天应保持在25-30℃，夜间棚内温度低，为避免地温散失，维持地温恒定，除了采取地膜覆盖外，在操作行内覆盖作物秸秆也不失为一种好办法。

二是要调控好土壤的湿度。土壤含水量不足不利于生物菌的生长繁殖，但土壤在浇水过大，透气性不良，含氧量较少的情况下也不利于生物菌的生存，因为生物菌大都是好氧性，一般在土壤见干见湿时生物菌的生命活动最为活跃。因此，除调控好地温外，合理浇水也是一个重要的因素。一般情况下，浇水应选在晴天的上午进行，因这段时间内浇水有利于地温的恢复和棚内湿气的排除。浇水时要注意浇小水，切忌大水漫灌，浇水后应及时划锄，以增加土壤透气性，促进生物菌的生命活动。

三是要为生物菌提供充足的“食物”。 

生物菌是活的生物，它也需要“吃饭”。因此，充足的食物是生物菌存活的基础。在很多大棚区，菜农不注重鸡粪等有机肥的施用，棚内土壤有机质含量严重贫乏，个别地区有机质含量还不是1%。土壤中的生物菌长时间得不到食物，存活都成问题，如何来为我们工作呢？因此蔬菜定植前，一定要注意施足有机肥，一般每亩菜地以施腐熟的农家肥15-20方或稻売粪30-40方为宜。

四是要尽量避免生物菌受到伤害。 

生物菌最怕杀菌剂，而不少菜农为防蔬菜根部病害常用杀菌剂灌根，这无疑使刚刚在土壤中定居的生物菌遭受灭顶之灾。另外，大量地冲施化肥对土壤中生物菌的伤害也很大。因此，对于施用生物菌肥的大棚地，应尽量避免使用杀菌剂灌根，少施大量元素水溶肥等化学肥料。

五是生物菌対土壤的酸碱度也有要求。 

土壤偏碱或偏酸都不利于生物菌的生长繁殖。一般情况下土壤pH值在6.5-7.5之间时最适合生物菌的繁殖，菜农可根据自己土壤的情况加以改造，使生物菌在一个良好的土壤环境中“生活”。

六是使用生物菌肥应注意的事项。 

1、有效期：目前我国微生物肥料有效菌存活时间超过1年的不多，所以选购的微生物肥料要尽快使用，存放时间过长，其菌种的休眠状态可能被破坏。 

2、施用温度：施用菌肥的最佳温度是22℃-35℃，低于5℃，高于40℃，施用效果较差。对高温、低温、干旱条件下的农作物田块不宜施用。固氮菌肥最适温度土壤的含水量是60%-70%。 

3、施用地块：对含硫高的土壤和锈水田，不宜施用生物菌肥，因为硫元素能杀死生物菌。对于翻浆的水田，一般不用撒施，用喷雾的方法效果会好些。 

4、菌数：有效活菌数达不到标准的微生物肥料不能购买。国家规定微生物菌剂有效活菌数≥2亿/克(颗粒1亿/克)，复合微生物肥料和生物有机肥有效活菌数≥2000万/克。如果达不到这一标准，说明产品质量达不到要求。 

5、施用时期：生物菌肥不是速效肥，一般作底肥，如果追施，在作物的营养临界期和营养大量吸收期前7-10天施用，效果好。 

6、混合：应注意，不要将菌肥与杀菌剂、杀虫剂、除草剂和含硫的化肥(如硫酸钾等)以及草木灰混合用，因为这些药、肥，很容易杀死生物菌。或者先施菌肥，隔48小时后，再打药除草。若拌种，切忌和已拌好杀菌剂的种子混合使用。还应防止与未腐熟的农家肥混肥。 

7、用量：对于已多年施用化肥的田块，施用生物菌肥时不能大量减少化肥和有机肥的施用量，因农作物对化肥产生了依赖性，用生物菌肥取代氮肥不能一下子适应。因此，其取代量应做到第一、第二、第三年分别取代30%、40%和60%，磷、钾肥只能补足，不能减少。